目前瓜果業生產中普遍存在施肥結構失衡，瓜果有機肥施肥不科學的問題。主要表現為五個方面：
1.不能做到因時因勢施肥。春季施肥一般在3月下旬到4月中旬，多數施入的是沒有腐熟的有機肥。這些肥料一般到七八月的雨季才能充分腐爛被果樹吸收利用。在果樹需肥高峰期不能及時得到養分，而七八月份當肥料腐熟后供給果樹吸收時，正式果樹秋梢旺長期，使大量新梢徒長，與果樹爭肥，影響通風透光，阻礙果實膨大、著色，花芽不能正常分化，影響了第二年的花量和產量。
2.忽視果樹的長勢。在果樹施肥中只看"下"，不看"上"，即單純依據土壤養分的測定值，不考慮果樹的長勢。正確的做法應該是對樹體過旺的果樹可適當控制氮肥用量，樹勢偏弱的果樹可適當增加氮肥用量。幼樹需磷、鉀少，可適當少施；盛果期需磷、鉀多，可適當多施。
3.輕有機肥，重化肥。為了追求省時省力，以化肥取代有機肥，結果施化肥的使用過量，造成土壤板結。某些營養元素含量過高，而某些元素含量又過低，出現缺素現象，導致黃葉、花葉等?；ㄑ侩y以形成，果實品質下降，著色難，表面不光滑，含糖量低，口感差，致使果實商品性下降，效益低。
4.重地下施肥，輕根外追肥。在果樹遇干旱，根系發育不良，吸收障礙和遇寒害或雹災時，葉面噴施微肥可以及時補救，恢復樹勢。微量元素在土壤中施用容易被固定，從經濟和效果的角度考慮應該提倡葉面噴肥。
5.瓜果有機肥施肥方法不當。在施肥穴中一次施入過多的化肥，容易傷根，嚴重時致樹死亡。施肥溝太淺，覆土太少，覆蓋不嚴，養分則大量揮發，降低肥料利用率，甚至還會造成肥害。將磷肥等易被土壤固定的化肥撒于地表（或淺鋤），誘導根系上浮，降低其抗旱耐澇能力。部分果園仍在沿用追肥化肥后立即澆大水的做法，造成養分的大量淋失（尤其是沙土壤）。
6.營養元素比例失調。多年施用同一種肥料。隨著樹體生長及產量的提高，很容易出現某種元素缺乏（缺素癥）或過量（肥害），而且各元素之間比例不協調，微量元素不足，從而誘發或加重某些生理病害的發生。尤其氮肥的過量施用，易造成樹體徒長、光照惡化、果實產量低、品質差。

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